宋明两代，理学兴起，儒学复兴。一方面社会对性关系的限制日趋严厉，如包办婚姻、女性缠足以及“功过录”和对女性贞节的称颂等，皆出现或盛行于这一时期；另一方面，宫庭中“春方”肆行，市井间性文化的泛滥。从古典的名著《金瓶梅》、《肉蒲团》等书中所描写的性生活状况，可看出性技巧、性工具、****的滥用，而失却了房中术原本淳真的理念和宗旨。

宋、明之间的元朝，蒙古族入主了中原，随之而入的喇麻教性秘术与道教性秘术融合，盛行于宫庭。在这一历史的背景中，房中术与房中书的流传逐渐地趋于沉寂。医家撰写的著作中虽不反对房中术，但羞于写出或探讨其性行为，而专注于生殖和性功能障碍的治疗，并且提昌节欲，以符合儒家的规范。从日本人丹波康赖辑录整理的《医心方》，以及明代朝鲜人金礼蒙等编辑的《医方类聚》等书中的内容可知，中国古代的房中书曾一直流传于这些国家，房中术亦为日、朝的医家们所接受。

清代是中国历史上最后一个封建王朝，朝气蓬勃的满族入主中原，任用汉族官僚，以严厉的儒家思想治理国家，力挽明末侈糜淫滥的亡国之风。在“严绝非圣之书“的禁令下，房中书趋于绝迹，房中术亦随之基本消亡，从而给后世造成了中国几千年文明史中的性封闭、性压抑、性无知的错觉。